预选赛于2024年3月20日至11月19日举行，八支参赛国家队根据2024年2月15日的国际足联世界排名被分为两档，厄立特里亚和塞舌尔被排除在预选赛之外。八支球队进行主客场两回合的比赛。四支胜者队晋级外围分组赛。非洲杯外围分组赛共分为12个小组，每组4支球队，其中包括44支直接参赛的球队以及4支资格赛的获胜球队。每个小组前两名将进入分组赛阶段。同分情况下排名规则：小组队伍积分相等的情况下按照如下规则排名：1.相互交手积分；2.相互交手净胜球；3.相互交手进球数；4.若多于两支球队积分相同，且按照上述规则比较后仍有相同的球队，则由如下规则排名：（1）净胜球；（2）进球数；（3）公平竞赛得分；（4）抽签。非洲杯分组赛阶段24支球队分为六个小组，六个小组的前两名以及四个最好成绩的小组第三将直接进入淘汰赛。同分情况下排名规则：小组队伍积分相等的情况下按照如下规则排名：1.相互交手积分；2.相互交手净胜球；3.相互交手进球数；4.若多于两支球队积分相同，且按照上述规则比较后仍有相同的球队，则由如下规则排名：（1）净胜球；（2）进球数；（3）公平竞赛得分；（4）抽签。淘汰赛阶段，双方常规时间战平则进入加时赛，若加时打平进入点球大战。